Mikrobiyom & Beslenme

Bağırsak mikrobiyomu, sindirim sisteminde yaşayan mikroorganizmaların ve onların genetik materyalinin oluşturduğu bütündür. Mikrobiyom analizi ise dışkı örneğinden bu topluluğun bileşimini tanımlayan bir laboratuvar incelemesidir. Prof. Dr. Vahit Onur Gül'ün Ankara Çukurambar/Çankaya'daki muayenehanesinde bu değerlendirme, ayrı bir alan olarak değil, Genel Cerrahi Uzmanı olarak yürüttüğü sindirim sistemi şikâyetlerinin değerlendirilmesinin bir parçası olarak ele alınır; beslenme planı gerektiğinde diyetisyen iş birliğiyle oluşturulur. Baştan açıkça belirtmek gerekir: mikrobiyom analizi bir tanı testi değildir. Hiçbir hastalığa tanı koymaz, koymadığını da gösteremez ve öykü, muayene ile gereken tetkiklerin yerini almaz.

Bağırsak mikrobiyomu nedir ve sağlığı nasıl etkiler?

İki terim sık karıştırılır: mikrobiyota organizmaların kendisini, mikrobiyom ise bu organizmaların genetik materyali dâhil bütün ekosistemi anlatır. Bu topluluk sindirim sistemi boyunca eşit dağılmaz. Sender ve arkadaşlarının 2016'da yayımlanan hesaplamasında mide ile duodenum ve jejunumda bakteri yoğunluğu mililitre başına yaklaşık 10³–10⁴, ileumda yaklaşık 10⁸, kolonda ise yaklaşık 10¹¹ düzeyindedir; kolon içeriğinde gram başına ölçülen geometrik ortalama 0,92×10¹¹'dir. Üst sindirim sistemindeki düşük yoğunluğun nedeni mide asidi ve hızlı geçiştir.

Bu topluluğun başlıca üç işlevi vardır. Birincisi, ince bağırsakta sindirilemeyen lifin kolonda fermantasyonuyla bütirat, asetat ve propiyonat gibi kısa zincirli yağ asitleri üretilir; bütirat kolon mukoza hücrelerinin başlıca enerji kaynaklarındandır. İkincisi, mukozal bağışıklığın eğitilmesi ve bağırsak bariyerinin işlevine katkı. Üçüncüsü, safra asitlerinin ve bazı ilaçların metabolizmasına katılmak. "İyi bakteri – kötü bakteri" ayrımı bu tabloyu fazlaca basitleştirir; kanıtlar belirleyici olanın tek tek türlerden çok topluluğun çeşitliliği ve işlevsel dengesi olduğunu göstermektedir.

Mikrobiyom testi nasıl yapılır, 16S rRNA ile shotgun metagenomik arasındaki fark nedir?

Süreç şu basamaklardan oluşur: evde veya klinikte alınan küçük bir dışkı örneği, koruyucu solüsyon içeren tüple laboratuvara ulaştırılır; örnekten DNA izole edilir; dizileme yapılır; biyoinformatik analizle taksonomik ve işlevsel profil çıkarılır; sonuç raporlanır. Raporlama süresi kullanılan panele ve laboratuvara göre değişir, tipik olarak birkaç haftayı bulur; klinik yorum bu raporun tek başına okunmasıyla değil, hastanın tablosuyla birlikte yapılır.

Raporlarda geçen iki terim şöyle tanımlanır: alfa çeşitlilik tek bir örnek içindeki tür zenginliğini ve dengesini, beta çeşitlilik ise iki veya daha fazla örnek arasındaki bileşim farkını ifade eder. İki temel yöntem arasındaki ayrım ise kapsam ve çözünürlük üzerinden kurulur.

Sonuçların yorumunda dikkat edilmesi gereken bir sınırlılık daha vardır. Costea ve arkadaşlarının aynı dışkı örnekleri üzerinde 21 farklı DNA izolasyon protokolünü karşılaştırdığı çalışmada, sonucu en çok etkileyen etkenin DNA izolasyon yöntemi olduğu görülmüştür; örnek toplama ve saklama koşulları da tabloyu değiştirebilmektedir. Bu nedenle farklı laboratuvarlardan alınan iki rapor birebir karşılaştırılamaz ve bir mikrobiyom raporu tek başına klinik karar dayanağı sayılmaz.

Mikrobiyom analizi kimler için anlamlıdır, kimler için gerekli değildir?

Analiz, klinik değerlendirme sonrasında belirli sorulara katkı sunabileceği düşünülen durumlarda gündeme gelir:

• Uzun süredir devam eden şişkinlik, gaz ve düzensiz dışkılama yakınması olanlar — temel tetkikler yapıldıktan ve alarm bulguları dışlandıktan sonra tabloyu bütünlemek için.
• Tekrarlayan antibiyotik kürlerinden sonra sindirim yakınmaları süren kişiler — floradaki değişimin gidişatını izlemek amacıyla.
• Gastrointestinal ameliyat sonrası kalıcı sindirim değişikliği yaşayanlar — anatomik değişikliğin yanı sıra beslenme ve flora bileşeninin de değerlendirilmesi için.
• Beslenme düzenlemesi planlanan ve bu planın diyetisyen iş birliğiyle kişiselleştirilmesi istenen kişiler.
• Kilo yönetiminde beklenen yanıtın alınamadığı, hormonal değerlendirme ve tiroid fonksiyonlarının da gözden geçirildiği inatçı tablolar.
• Kapsamlı bir check-up değerlendirmesinin parçası olarak, tek başına değil bütünün içinde ele alınmak üzere.

Kimler için gerekli değildir? Şikâyeti olmayan ve yaşa uygun taramaları güncel olan sağlıklı kişilerde, mikrobiyom analizinin tek başına klinik kararı değiştirdiğine dair yeterli kanıt yoktur. Halk sağlığı düzeyinde mikrobiyom biliminin çerçevesini tartışan derlemeler de bu testlerin henüz kişiye özel klinik karar aracı olarak doğrulanmadığını belirtmektedir. Bu durumda öncelik, yaşa uygun kolorektal kanser taraması, temel kan tetkikleri ve endikasyon varsa endoskopik değerlendirmedir.

Şişkinlik, gaz ve düzensiz dışkılama ne zaman ciddiye alınmalı?

Şişkinlik, gaz ve dışkılama düzeninde değişiklik toplumda çok yaygındır ve büyük bölümü iyi huylu, işlevsel nedenlere bağlıdır. Ancak bazı bulgular, mikrobiyom analizinden önce klinik değerlendirme gerektirir.

Tarama yaşı konusunda iki farklı çerçeve vardır: Amerikan Gastroenteroloji Koleji'nin 2021 kılavuzu ortalama riskli bireylerde kolorektal kanser taramasının 45 yaşta başlamasını önerirken, Türkiye ulusal tarama programı 50–70 yaş aralığında iki yılda bir gaitada gizli kan testi uygulamaktadır. Kişisel ve aile öyküsü bu yaşı öne çekebilir. Alarm bulgusu yoksa, güncel kılavuzlar irritabl bağırsak sendromunu bir dışlama tanısı olarak değil, semptom ölçütleri ve sınırlı tetkikle konulan pozitif tanı olarak tanımlar. Uzun süreli antrakinon türevi laksatif kullanımının kolon mukozasında melanozis koli adı verilen pigment birikimine yol açabildiği de bilinen bir durumdur; sürekli laksatif kullanımı hekime bildirilmelidir.

Genel cerrahi ile bağırsak mikrobiyomunun ilişkisi nedir?

Bu konunun cerrahiyle kesiştiği üç eksen vardır ve bu eksenlerin çoğu hâlâ araştırma düzeyindedir. Ameliyat öncesinde: ERAS (Enhanced Recovery After Surgery) Derneği'nin 2025 kolorektal cerrahi kılavuzu beslenme durumunun taranmasını ve malnütrisyonlu hastada beslenme desteğini önermekte, immünonütrisyon kılavuzda yer almakla birlikte belirli bir ürün veya formül önerilmemektedir; prehabilitasyon için ise mevcut kanıtla belirli bir program önerilmemektedir. Bağırsak hazırlığı konusunda kılavuzlar mekanik hazırlık ile oral antibiyotik kombinasyonuna yer vermekle birlikte, MOBILE ve MOBILE2 randomize çalışmalarından sonra tartışma sürmektedir.

Ameliyat sırasında ve sonrasında: anastomoz iyileşmesi ile bağırsak bakterileri arasında bir ilişki olabileceğine dair deneysel kanıt vardır. Sıçan modelinde kolajen yıkabilen ve doku MMP9 enzimini aktive edebilen Enterococcus faecalis suşlarının anastomoz kaçağı gelişimine katkıda bulunduğu gösterilmiş, benzer aktiviteye sahip bakteriler ameliyat edilen hastaların anastomoz dokusunda da saptanmıştır. Bu bulgu bir mekanizma önerisidir; "ameliyat öncesi mikrobiyom testi yapılırsa kaçak önlenir" gibi bir çıkarım kanıtlanmamıştır ve böyle bir vaatte bulunulamaz. Ameliyat sonrasında perioperatif antibiyotikler ve opioid ağrı kesiciler flora ile bağırsak hareketlerini geçici olarak etkiler; postoperatif ileusun çözülmesi ve uygun hastalarda erken oral beslenmeye geçiş, iyileşme protokollerinin yerleşik bileşenleridir. Bu bölümün dayanağı, Prof. Dr. Vahit Onur Gül'ün genel cerrahi pratiği ve kolorektal alanda PubMed'de indekslenen hakemli yayınlarıdır.

Safra kesesi, kolon veya mide ameliyatı sonrası sindirim neden değişir?

Kolesistektomi sonrası: safra kesesinin depolama işlevi ortadan kalktığında safra akışı sürekli hâle gelir. Bir kısım hastada safra asidi ishali görülebilir; bu tablo, ishalle seyreden irritabl bağırsak sendromu tanısı almış hastaların bir bölümünde gözden kaçmaktadır. Yakınmalar bir kısım kişide zamanla azalır, bir kısmında ise sürebilir ve safra asidi ishali açısından değerlendirme ile tedavi gerektirebilir. Süren ishal, gece uyandıran dışkılama veya kilo kaybı varsa yeniden değerlendirme gerekir. Yağlı öğünleri bölmek gibi pratik düzenlemeler yakınmayı hafifletebilir. Laparoskopik safra kesesi ameliyatı hakkında ayrıntılı bilgi ilgili uzmanlık sayfasındadır.

Kolon rezeksiyonu sonrası: özellikle sağ kolon ve ileoçekal valvi içeren rezeksiyonlarda su-elektrolit emilimi ve safra asitlerinin geri emilimi değişir; dışkı sıklığı ve kıvamı farklılaşabilir. Lif alımı kademeli artırılmalı ve bu artış hekim ile diyetisyen kontrolünde planlanmalıdır. Laparoskopik ve robotik kolon cerrahisi sayfası bu ameliyatların kapsamını anlatır. Mide cerrahisi sonrası: mide asidinin azalması üst sindirim sisteminde bakteriyel kolonizasyona yatkınlık yaratabilir; ayrıca B12 vitamini ve demir emilimi etkilenebileceği için düzenli takip gerekir. Her üç senaryoda da değişiklikler kalıcı veya şiddetliyse yeniden değerlendirilmelidir.

Antibiyotik kullanımından sonra bağırsak florası ne kadar sürede toparlanır?

Bu sorunun en sık atıf alan yanıtı 2018 tarihli bir çalışmadan gelir. On iki sağlıklı genç erkekte, dört günlük geniş spektrumlu antibiyotik uygulaması (meropenem, gentamisin ve vankomisin kombinasyonu) sonrası bağırsak mikrobiyotası yaklaşık 1,5 ay içinde başlangıç bileşimine büyük ölçüde yaklaşmış; buna karşılık tedavi öncesinde herkeste bulunan yaygın dokuz tür, 180. günde katılımcıların çoğunda hâlâ saptanamamıştır. Bu bulgu küçük bir örneklemden ve özel bir antibiyotik kombinasyonundan elde edilmiştir; her antibiyotik ve her kişi için aynı olmayabilir.

Toparlanmayı desteklemek için makul olanlar şunlardır: antibiyotiği yalnızca hekim önerisiyle ve hekiminizin belirttiği biçimde kullanmak, kendi kendine başlamamak veya dozu değiştirmemek; kür boyunca ve sonrasında lif ile fermente gıda alımını sürdürmek; sıvı dengesini korumak. Antibiyotik kullanımı sırasında veya sonrasında ateş, kanlı ishal, şiddetli karın ağrısı ya da günde çok sayıda sulu dışkılama olması hâlinde — Clostridioides difficile enfeksiyonu da akla gelmesi gerektiğinden — gecikmeden hekime başvurulmalıdır.

Probiyotik herkese aynı şekilde verilebilir mi? Kanıtlar ne diyor?

Önce tanımlar. ISAPP uzlaşı metinlerine göre probiyotik, yeterli miktarda alındığında konakçıda sağlık yararı sağlayan canlı mikroorganizmalardır. Prebiyotik, konakçı mikroorganizmalarınca seçici olarak kullanılan ve sağlık yararı sağlayan substrattır. Sinbiyotik, canlı mikroorganizmalar ile onların kullandığı substratın birlikte yer aldığı karışımdır. Postbiyotik ise cansız mikroorganizmaların ve/veya bileşenlerinin, konakçıya sağlık yararı sağlayan preparatıdır.

Kanıt tablosu ise düşünüldüğü kadar net değildir ve kılavuzlar birbiriyle çelişebilmektedir. Amerikan Gastroenteroloji Derneği'nin (AGA) 2020 kılavuzu, belirli probiyotik formülasyonlarının antibiyotik alan erişkin ve çocuklarda C. difficile enfeksiyonunun önlenmesinde, preterm düşük doğum ağırlıklı bebeklerde nekrotizan enterokolitin önlenmesinde ve poşitin yönetiminde düşünülebileceğini belirtir; buna karşılık Crohn hastalığı, ülseratif kolit, irritabl bağırsak sendromu ve C. difficile enfeksiyonunun tedavisi için kanıtı yetersiz bulur, çocuklarda akut enfeksiyöz gastroenterit için ise kullanımın aleyhinde öneri verir. Amerikan Gastroenteroloji Koleji'nin (ACG) 2021 C. difficile kılavuzu ise aynı önleme endikasyonunda probiyotiklerin aleyhinde öneri vermektedir: birincil önlemede koşullu öneri ve orta kalite kanıt, tekrarların önlenmesinde güçlü öneri ve çok düşük kalite kanıt. Yani bu konuda kanıt tartışmalıdır ve karar hekimle birlikte verilmelidir. Pratik sonuç şudur: etki suşa ve endikasyona özgüdür, "tek tip probiyotik" yaklaşımı yetersiz kalır. Bu sayfada marka, ürün, suş adı veya doz önerisi verilmemektedir; takviye kullanımı hekiminizle konuşulmalıdır.

Bağırsak mikrobiyom çeşitliliğini artırmak için beslenmede ne değişmeli?

Beslenmenin mikrobiyota üzerindeki etkisi hızlıdır: 2014 tarihli bir çalışma, tümüyle hayvansal ya da tümüyle bitkisel bir diyete geçildiğinde mikrobiyal topluluk yapısının ve gen ifadesinin günler içinde değiştiğini göstermiştir. Kalıcı değişim ise sürekliliğe bağlıdır. Kanıta dayalı, somut hedefler şunlardır:

• Bitkisel çeşitlilik: American Gut projesinin 10.000'den fazla örnek içeren gözlemsel verisinde, haftada 30'dan fazla farklı bitki türü tüketenlerde bakteriyel çeşitlilik, 10'dan az tüketenlere göre daha yüksek bulunmuştur. Bu bulgu bir ilişkiyi gösterir, nedenselliği kanıtlamaz; yine de sebze, meyve, tam tahıl, baklagil, kuruyemiş, tohum ve baharatları içeren geniş bir çeşitlilik makul bir hedeftir.
• Lif: Diyet lifi alımının artırılması bağırsak sağlığı için yerleşik bir öneridir; lif, kısa zincirli yağ asitlerinin üretimi için gerekli substratı sağlar. Artış kademeli olmalıdır, aksi hâlde şişkinlik geçici olarak artabilir.
• Fermente gıdalar: 36 katılımcıyla yürütülen 17 haftalık randomize bir çalışmada, fermente gıda tüketiminin artırıldığı grupta mikrobiyota çeşitliliği artmış ve inflamatuar belirteçler azalmıştır. Aynı çalışmada yüksek lifli diyet bu sürede çeşitliliği artırmamış, ancak mikrobiyal işlev göstergelerinde (karbonhidrat parçalayan enzim repertuvarında) değişiklik yaratmıştır.
• Beslenme örüntüsü: Beş Avrupa ülkesinde 612 yaşlı katılımcıyla yürütülen 12 aylık NU-AGE çalışmasında, Akdeniz tipi beslenmeye uyumun mikrobiyota bileşimindeki belirli değişikliklerle, daha düşük kırılganlık ve daha düşük inflamatuar belirteçlerle ilişkili olduğu bulunmuştur.
• Sınırlandırılması makul olanlar: ultra işlenmiş gıdalar, aşırı alkol ve endikasyonsuz antibiyotik kullanımı.

Gastrointestinal ameliyat geçirmiş kişilerde lif artışının ve beslenme değişikliğinin hekim ile diyetisyen kontrolünde planlanması gerekir; bazı ameliyat türlerinde hızlı lif artışı yakınmaları artırabilir.

Glutensiz veya laktozsuz beslenme herkese gerekli mi?

Hayır. Önce klinik ayrımı yapmak gerekir. Çölyak hastalığı, buğday, arpa ve çavdarda bulunan glutene karşı gelişen kalıcı, bağışıklık aracılı bir hastalıktır; ömür boyu sıkı glutensiz diyet gerektirir ve tanısı serolojik testler ile çoğu hastada ince bağırsak biyopsisiyle konur. Çok pratik bir uyarı: çölyak testleri glutenli beslenirken yapılmalıdır. Diyet kendi kendine kesildikten sonra yapılan test yanlış negatif çıkabilir ve tanı atlanır. Gluten dışı buğday duyarlılığı bir dışlama tanısıdır; buğday alerjisi ayrı bir tablodur. Laktoz intoleransı ise enzim eksikliğine bağlıdır, doza bağımlıdır ve çoğu kişi bir miktar laktozu tolere edebilir.

Kanıtlanmış bir endikasyon olmadan yapılan kısıtlamalar lif alımını ve dolayısıyla bitkisel çeşitliliği azaltabilir. Düşük FODMAP yaklaşımı da kalıcı bir diyet değildir; irritabl bağırsak sendromunda kısa süreli, rehberli bir eliminasyon ve yeniden yükleme protokolü olarak tasarlanmıştır ve diyetisyen eşliğinde yürütülmelidir. Ayrı bir başlık olarak, eozinofilik özofajit gibi gıdayla tetiklenen özofagus hastalıkları yutma güçlüğünün nadir nedenlerindendir ve endoskopik-histolojik değerlendirme gerektirir; bu tablo Prof. Dr. Vahit Onur Gül'ün ortak yazarı olduğu bir olgu sunumunda da bildirilmiştir.

Helicobacter pylori mide ve bağırsak florasını nasıl etkiler?

Helicobacter pylori mide mukozasında kolonize olur, lokal mikrobiyal ortamı ve asit salgısını değiştirir. Kronik gastrit ve duodenit ile ilişkilidir; bazı mukozal proliferatif değişikliklerle birlikteliği de bildirilmiştir. Prof. Dr. Vahit Onur Gül'ün ortak yazarı olduğu ve Can J Gastroenterol Hepatol dergisinde yayımlanan çalışmada, Brunner bezi hiperplazileri ve hamartomları ile H. pylori birlikteliği incelenmiştir.

Eradikasyon tedavisi birden fazla antibiyotik içerdiği için bağırsak florasında geçici bir daralmaya yol açar; tedavi sonrası şişkinlik ve dışkılama değişikliği gibi yakınmaların sık görülmesinin nedenlerinden biri budur. Bu yakınmalar genellikle haftalar içinde hafifler. Maastricht VI/Florence uzlaşı raporu, H. pylori enfeksiyonunun mide kanserinden korunma açısından taşıdığı önemi ve tedavinin bağırsak mikrobiyotası üzerindeki etkisini ayrı çalışma gruplarında ele almıştır. Bu sayfa bir bilgilendirme metnidir; tedavi rejimi, antibiyotik adı ve doz bilgisi vermez — bunlar hekim tarafından belirlenir. Kalıcı hazımsızlık, erken doyma, yutma güçlüğü veya kilo kaybı varsa endoskopik değerlendirme gerekebilir; mide kanseri sayfası bu konuda ayrıntı içerir.

SIBO nedir, mikrobiyom testiyle aynı şey midir?

Hayır, aynı şey değildir ve bu ayrım pratikte çok önemlidir. SIBO (ince bağırsakta bakteriyel aşırı çoğalma), ince bağırsakta belirti oluşturacak düzeyde fazla bakteri bulunmasıdır. Dışkı mikrobiyom analizi kalın bağırsak içeriğini yansıtır; SIBO tanısı bu testle konulmaz. ACG 2020 kılavuzuna göre en sık belirti şişkinliktir; karın ağrısı, gaz, distansiyon ve ishal de sıktır. Tanıda glukoz veya laktüloz ile yapılan hidrojen nefes testi kullanılır; seçilmiş olgularda duodenal/jejunal aspirat kültürü değerlendirilir ve ≥10³ CFU/mL koloni sayısı SIBO lehine kabul edilir. Nefes testlerinin yanlış pozitif ve yanlış negatif verme olasılığı vardır; kılavuz bu testi kusursuz olmayan bir araç olarak tanımlar.

Metan baskın form ayrı değerlendirilir: nefeste yüksek metan saptanması SIBO'yu göstermez, çünkü metan üreten organizmalar bakteri değil arkedir; kılavuz bu tablo için intestinal metanojen aşırı çoğalması (IMO) terimini önerir ve IMO daha çok kabızlıkla ilişkilidir. SIBO'ya yatkınlık yaratan cerrahi ve yapısal durumlar bu sayfa açısından özellikle önemlidir: geçirilmiş bağırsak rezeksiyonu, ileoçekal valv kaybı, kör loop oluşturan anastomozlar, yapışıklık veya darlığa bağlı motilite bozuklukları. Kılavuz ayrıca SIBO tedavisinde belirli probiyotikleri önermek için tutarlı veri bulunmadığını belirtir. Tedavi hekim değerlendirmesi gerektirir; bu sayfada antibiyotik adı veya dozu verilmez.

FMT (dışkı mikrobiyota nakli) kimlere uygulanır?

FMT, taranmış sağlıklı bir vericiden alınan dışkı mikrobiyotasının işlenerek hastaya aktarılmasıdır. Kanıta dayalı temel endikasyonu tekrarlayan Clostridioides difficile enfeksiyonudur: AGA'nın 2024 kılavuzu, standart antibiyotik tedavisini tamamlamış immün sistemi normal erişkinlerde tekrarı önlemek için dışkı mikrobiyotası temelli tedavilerin seçilmiş kullanımını önermekte; standart tedaviye yanıt vermeyen ağır veya fulminan olgularda da seçilmiş kullanımı desteklemektedir. Ağır bağışıklık baskılanması olan hastalarda ise bu tedavilerin kullanılmamasını önermektedir.

Buna karşılık aynı kılavuz, klinik araştırma dışında inflamatuar bağırsak hastalıkları ve irritabl bağırsak sendromu tedavisi için FMT'yi önermemektedir. Obezite, diyabet, otizm ve kronik yorgunluk gibi endikasyonlar araştırma aşamasındadır ve rutin kullanım için önerilmemektedir. Güvenlik açısından kritik bir nokta: ABD Gıda ve İlaç Dairesi 2019'da, FMT sonrası çoklu ilaca dirençli bakteri aktarımına bağlı ciddi enfeksiyon gelişen iki olguyu (biri ölümle sonuçlandı) bildirmiş ve verici taramasının genişletilmesini istemiştir. Bu nedenle FMT yalnızca yetkili merkezlerde, ilgili mevzuata uygun şekilde ve titiz verici taramasıyla uygulanabilir. Bu bölüm bilgilendirme amaçlıdır; bu sayfada FMT bir hizmet olarak sunulmamaktadır.

Klinikte mikrobiyom ve beslenme değerlendirmesi nasıl ilerler, sonuçlar ne zaman görülür?

Akış şu şekildedir. Önce ayrıntılı öykü ve fizik muayene: şikâyetin süresi ve karakteri, geçirilmiş ameliyatlar, antibiyotik ve ilaç öyküsü (laksatif ve mide koruyucu kullanımı dâhil), beslenme alışkanlıkları, aile öyküsü ve alarm bulgusu taraması. Ardından, gereken temel tetkikler: tam kan sayımı, demir parametreleri, B12, D vitamini, CRP, tiroid fonksiyonları, çölyak serolojisi ve endikasyon varsa dışkı incelemeleri; alarm bulgusu ya da uygun endikasyon varsa endoskopik değerlendirme. Mikrobiyom analizi ancak bu değerlendirmeden sonra, klinik olarak katkı sunacağı düşünülüyorsa gündeme gelir.

Sonuçlar tek başına değil, klinik tabloyla birlikte yorumlanır. Beslenme planı diyetisyen iş birliğiyle oluşturulur; tıbbi beslenme tedavisi diyetisyenin görev alanıdır ve hekim yönlendirmesiyle yürütülür. Kontrol randevusu klinik gidişe göre planlanır. Süre beklentisi konusunda dürüst olmak gerekir: semptomlarda değişim genellikle 4–8 hafta içinde belirginleşmeye başlar, ancak yanıt kişiden kişiye değişir ve hiçbir kesin iyileşme vaadi verilemez. Yatış gerektiren girişimsel bir işlem söz konusu değildir. Çukurambar/Çankaya kliniğine ulaşım ve randevu için iletişim sayfasından bilgi alınabilir.

1. Human Microbiome Project Consortium. Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. Nature. 2012;486(7402):207-214. PMID: 22699609
2. Sender R, Fuchs S, Milo R. Revised Estimates for the Number of Human and Bacteria Cells in the Body. PLoS Biol. 2016;14(8):e1002533. PMID: 27541692
3. Koh A, De Vadder F, Kovatcheva-Datchary P, Bäckhed F. From Dietary Fiber to Host Physiology: Short-Chain Fatty Acids as Key Bacterial Metabolites. Cell. 2016;165(6):1332-1345. PMID: 27259147
4. Knight R, Vrbanac A, Taylor BC, et al. Best practices for analysing microbiomes. Nat Rev Microbiol. 2018;16(7):410-422. PMID: 29795328
5. Quince C, Walker AW, Simpson JT, Loman NJ, Segata N. Shotgun metagenomics, from sampling to analysis. Nat Biotechnol. 2017;35(9):833-844. PMID: 28898207
6. Costea PI, Zeller G, Sunagawa S, et al. Towards standards for human fecal sample processing in metagenomic studies. Nat Biotechnol. 2017;35(11):1069-1076. PMID: 28967887
7. Wilkinson JE, Franzosa EA, Everett C, et al. A framework for microbiome science in public health. Nat Med. 2021;27(5):766-774. PMID: 33820996
8. Shaukat A, Kahi CJ, Burke CA, Rabeneck L, Sauer BG, Rex DK. ACG Clinical Guidelines: Colorectal Cancer Screening 2021. Am J Gastroenterol. 2021;116(3):458-479. PMID: 33657038
9. T.C. Sağlık Bakanlığı Halk Sağlığı Genel Müdürlüğü. Kolorektal Kanser Tarama Programı Ulusal Standartları (50–70 yaş, iki yılda bir gaitada gizli kan testi).
10. Drossman DA. Functional Gastrointestinal Disorders: History, Pathophysiology, Clinical Features and Rome IV. Gastroenterology. 2016;150(6):1262-1279. PMID: 27144617
11. Lacy BE, Pimentel M, Brenner DM, et al. ACG Clinical Guideline: Management of Irritable Bowel Syndrome. Am J Gastroenterol. 2021;116(1):17-44. PMID: 33315591
12. Vasant DH, Paine PA, Black CJ, et al. British Society of Gastroenterology guidelines on the management of irritable bowel syndrome. Gut. 2021;70(7):1214-1240. PMID: 33903147
13. Gustafsson UO, Rockall TA, Wexner S, et al. Guidelines for perioperative care in elective colorectal surgery: Enhanced Recovery After Surgery (ERAS) Society recommendations 2025. Surgery. 2025;184:109397. PMID: 40783294
14. Weimann A, Bezmarevic M, Braga M, et al. ESPEN guideline on clinical nutrition in surgery — Update 2025. Clin Nutr. 2025;53:222-261. PMID: 40957230
15. Koskenvuo L, Lunkka P, Varpe P, et al. Morbidity After Mechanical Bowel Preparation and Oral Antibiotics Prior to Rectal Resection: The MOBILE2 Randomized Clinical Trial. JAMA Surg. 2024;159(6):606-614. PMID: 38506889
16. Koskenvuo L, Lehtonen T, Koskensalo S, et al. Mechanical and oral antibiotic bowel preparation versus no bowel preparation for elective colectomy (MOBILE): a multicentre, randomised, parallel, single-blinded trial. Lancet. 2019;394(10201):840-848. PMID: 31402112
17. Shogan BD, Belogortseva N, Luong PM, et al. Collagen degradation and MMP9 activation by Enterococcus faecalis contribute to intestinal anastomotic leak. Sci Transl Med. 2015;7(286):286ra68. PMID: 25947163
18. Alverdy JC, Hyman N, Gilbert J. Re-examining causes of surgical site infections following elective surgery in the era of asepsis. Lancet Infect Dis. 2020;20(3):e38-e43. PMID: 32006469
19. Farrugia A, Arasaradnam R. Bile acid diarrhoea: pathophysiology, diagnosis and management. Frontline Gastroenterol. 2021;12(6):500-507. PMID: 34712468
20. Arasaradnam RP, Brown S, Forbes A, et al. Guidelines for the investigation of chronic diarrhoea in adults: British Society of Gastroenterology, 3rd edition. Gut. 2018;67(8):1380-1399. PMID: 29653941
21. Palleja A, Mikkelsen KH, Forslund SK, et al. Recovery of gut microbiota of healthy adults following antibiotic exposure. Nat Microbiol. 2018;3(11):1255-1265. PMID: 30349083
22. Su GL, Ko CW, Bercik P, et al. AGA Clinical Practice Guidelines on the Role of Probiotics in the Management of Gastrointestinal Disorders. Gastroenterology. 2020;159(2):697-705. PMID: 32531291
23. Kelly CR, Fischer M, Allegretti JR, et al. ACG Clinical Guidelines: Prevention, Diagnosis, and Treatment of Clostridioides difficile Infections. Am J Gastroenterol. 2021;116(6):1124-1147. PMID: 34003176
24. Guarner F, Sanders ME, Szajewska H, et al. World Gastroenterology Organisation Global Guidelines: Probiotics and Prebiotics. J Clin Gastroenterol. 2024;58(6):533-553. PMID: 38885083
25. Hill C, Guarner F, Reid G, et al. Expert consensus document. The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics consensus statement on the scope and appropriate use of the term probiotic. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2014;11(8):506-514. PMID: 24912386
26. Gibson GR, Hutkins R, Sanders ME, et al. Expert consensus document: The ISAPP consensus statement on the definition and scope of prebiotics. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2017;14(8):491-502. PMID: 28611480
27. Swanson KS, Gibson GR, Hutkins R, et al. The ISAPP consensus statement on the definition and scope of synbiotics. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2020;17(11):687-701. PMID: 32826966
28. Salminen S, Collado MC, Endo A, et al. The ISAPP consensus statement on the definition and scope of postbiotics. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2021;18(9):649-667. PMID: 33948025
29. McDonald D, Hyde E, Debelius JW, et al. American Gut: an Open Platform for Citizen Science Microbiome Research. mSystems. 2018;3(3):e00031-18. PMID: 29795809
30. Wastyk HC, Fragiadakis GK, Perelman D, et al. Gut-microbiota-targeted diets modulate human immune status. Cell. 2021;184(16):4137-4153. PMID: 34256014
31. Ghosh TS, Rampelli S, Jeffery IB, et al. Mediterranean diet intervention alters the gut microbiome in older people reducing frailty and improving health status: the NU-AGE 1-year dietary intervention across five European countries. Gut. 2020;69(7):1218-1228. PMID: 32066625
32. David LA, Maurice CF, Carmody RN, et al. Diet rapidly and reproducibly alters the human gut microbiome. Nature. 2014;505(7484):559-563. PMID: 24336217
33. Rothschild D, Weissbrod O, Barkan E, et al. Environment dominates over host genetics in shaping human gut microbiota. Nature. 2018;555(7695):210-215. PMID: 29489753
34. Rubio-Tapia A, Hill ID, Semrad C, et al. American College of Gastroenterology Guidelines Update: Diagnosis and Management of Celiac Disease. Am J Gastroenterol. 2023;118(1):59-76. PMID: 36602836
35. Halmos EP, Power VA, Shepherd SJ, Gibson PR, Muir JG. A diet low in FODMAPs reduces symptoms of irritable bowel syndrome. Gastroenterology. 2014;146(1):67-75. PMID: 24076059
36. Pimentel M, Saad RJ, Long MD, Rao SSC. ACG Clinical Guideline: Small Intestinal Bacterial Overgrowth. Am J Gastroenterol. 2020;115(2):165-178. PMID: 32023228
37. Rezaie A, Buresi M, Lembo A, et al. Hydrogen and Methane-Based Breath Testing in Gastrointestinal Disorders: The North American Consensus. Am J Gastroenterol. 2017;112(5):775-784. PMID: 28323273
38. Peery AF, Kelly CR, Kao D, et al. AGA Clinical Practice Guideline on Fecal Microbiota-Based Therapies for Select Gastrointestinal Diseases. Gastroenterology. 2024;166(3):409-434. PMID: 38395525
39. Cammarota G, Ianiro G, Tilg H, et al. European consensus conference on faecal microbiota transplantation in clinical practice. Gut. 2017;66(4):569-580. PMID: 28087657
40. U.S. Food and Drug Administration. Safety Alert Regarding Use of Fecal Microbiota for Transplantation and Risk of Serious Adverse Events Likely Due to Transmission of Multi-Drug Resistant Organisms. 13 Haziran 2019.
41. Malfertheiner P, Megraud F, Rokkas T, et al. Management of Helicobacter pylori infection: the Maastricht VI/Florence consensus report. Gut. 2022;71(9):1724-1762. PMID: 35944925
42. Bu sayfada atıf verilen kendi çalışmalarımız — Destek S, Gül VO. Brunner's Gland Hyperplasias and Hamartomas in Association with Helicobacter pylori. Can J Gastroenterol Hepatol. 2019;2019:6340565. PMID: 31187029
43. Bu sayfada atıf verilen kendi çalışmalarımız — Destek S, Gül VO. Effectiveness of conservative approach in right colon diverticulitis. Ulus Travma Acil Cerrahi Derg. 2019;25(4):396-402. PMID: 31297777
44. Bu sayfada atıf verilen kendi çalışmalarımız — Destek S, Gül VO, Ahioğlu S, Tatar Z, Erbil Y. A rare cause of chronic dysphagia: eosinophilic esophagitis. J Surg Case Rep. 2014;2014(9):rju096. PMID: 25249002
45. Prof. Dr. Vahit Onur Gül'ün sindirim sistemi ve kolorektal alandaki hakemli yayınlarının tamamı için Bilimsel Yayınlar sayfasına bakınız. ORCID: 0000-0001-9071-0732
46. T.C. Sağlık Bakanlığı. Sağlık Hizmetlerinde Tanıtım ve Bilgilendirme Faaliyetleri Hakkında Yönetmelik. Resmî Gazete 12.11.2025, sayı 33075.